Zur Lagerung von Lebkuchen eignen sich am besten gut schließende Dosen aus Metall oder Kunststoff. Bevor Lebkuchen verpackt wird, sollte er nach dem Backen auf einem Kuchenrost völlig erkalten.
In Dosen sollten die Lagen durch Backpapier getrennt werden. Alternativ kann man auch Butterbrotpapier verwenden. Ungeeignet ist Küchenpapier, weil es das Fett aus dem Gebäck aufsaugt und dadurch austrocknet.
Stark gewürztes Gebäck wie Lebkuchen, Honigkuchen, Printen, Springerle und Anisplätzchen sollten immer getrennt voneinander und von anderen Sorten lagern, um ihren Geschmack zu behalten. Durch die Gewürze nehmen andere Plätzchen das Aroma auf.
Direkt nach dem Backen sind Lebkuchen knusprig. Durch die Luftfeuchtigkeit werden sie weich. Lebkuchen und Plätzchen, die weich werden sollen, zuerst solange in einer Dose mit lose aufgelegtem Deckel aufbewahren, bis sie die gewünschte Konsistenz erreicht haben (etwa 1 Woche). Die Dose anschließend fest verschließen.
Lebkuchen und Honigkuchen sind etwa 4 Wochen haltbar.
Nach etwa vier Wochen beginnt Lebkuchen trocken zu werden. Daraus kann man dann z.B. das Lebkuchen-Tiramisu zubereiten.